Kỳ thị nguyên là người Cao Ly, xuất thân ở Hạnh Châu (幸州; 행주), nay thuộc khu vực của thành phố Goyang. Tuy Nguyên sử không ghi lại, nhưng nghiên cứu lịch sử Hàn Quốc dựa vào Cao Ly sử thì chỉ ra cha bà có tên là Kỳ Tử Ngao (奇子敖)[2], xuất thân từ gia tộc Hạnh Châu Kỳ thị (幸州奇氏; 행주기씨), tức "Nhà họ Kỳ ở Hạnh Châu", một gia đình tiểu quý tộc khá hưng thịnh.

Nguyên bản, Kỳ thị cùng nhiều nữ tử khác bị Cao Ly Trung Huệ Vương lên danh sách cống cho nhà Nguyên theo chính sách "Cống nạp con người", vì sau chiến tranh Mông Cổ - Cao Ly, các vị Quốc chủ của Cao Ly được yêu cầu gửi một số lượng nhất định các cô gái trẻ tuổi xinh đẹp đến Đại Nguyên để hầu hạ như vợ lẽ[3][4][5][6][7][8]. Theo sắp xếp ban đầu, Kỳ thị là Cung nữ phụ trách dâng trà, sau được Huệ Tông chú ý mà liền trở thành phi tần. Chế độ hậu phi nhà Nguyên đơn giản, dưới Hoàng hậu chỉ có Phi và Tần, Kỳ thị trong thời gian này không rõ được chia vào như thế nào. Từ khi thụ sủng, Kỳ thị ngày càng được lòng Huệ Tông, ân sủng của bà còn vượt hơn cả Hoàng hậu của Huệ Tông là Đáp Nạp Thất Lý. Điều này khiến Hoàng hậu ghen ghét mà căm giận Kỳ thị, thường xuyên ra lệnh đánh đập. Theo ghi chép thì Huệ Tông không có thái độ gì cả[9][10][11].

Năm Nguyên Thống thứ 3 (1335), huynh trưởng của Đáp Nạp Thất Lý nổi loạn mà bị giết chết, Hoàng hậu vì cứu anh trai mà bị Huệ Tông sai giam cầm ở nơi khác, cuối cùng Thừa tướng Bá Nhan hạ độc chết[9][12]. Lúc này, Huệ Tông muốn lập Kỳ thị làm Chính cung Hoàng hậu, nhưng Thừa tướng Bá Nhan khuyên can nên không thành, Bá Nhan liền bị bãi nhiệm. Đến năm Chí Nguyên thứ 3 (1337), Huệ Tông lập Bá Nhan Hốt Đô làm Kế hậu.